杭州華大生命科學(xué)研究院聯(lián)合美國(guó)斯坦福大學(xué)、我國(guó)武漢大學(xué)等高校和科研機(jī)構(gòu)，開(kāi)發(fā)出高精度生命全景時(shí)空算法工具“Spateo”,，使空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)能夠精細(xì)地重構(gòu)器官三維結(jié)構(gòu),，系統(tǒng)地量化基因和細(xì)胞的時(shí)空動(dòng)態(tài)過(guò)程。相關(guān)論文11月12日在國(guó)際學(xué)術(shù)期刊《細(xì)胞》上發(fā)表,。
論文通訊作者之一,、杭州華大生命科學(xué)研究院白寅琪博士介紹，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)能夠準(zhǔn)確反映細(xì)胞的空間排布和RNA的原位表達(dá),，是生命科學(xué)研究的重大技術(shù)創(chuàng)新,，但使用這種技術(shù)所產(chǎn)生的大量原始數(shù)據(jù)，仍需要結(jié)合算法工具進(jìn)行處理,、分析,，才能找到在空間分布上具有意義的細(xì)胞和基因表達(dá)。
“此前的算法工具大多側(cè)重于空間原位信號(hào)的可視化,，但缺乏系統(tǒng)性分析數(shù)據(jù)的方法,。這是我們進(jìn)行新型工具研發(fā)的原因?！卑滓髡f(shuō),。
據(jù)介紹，研究團(tuán)隊(duì)此次開(kāi)發(fā)出的算法工具采用數(shù)學(xué)建模方式,，具備三維重建,、區(qū)域數(shù)字化、細(xì)胞間相互作用推斷,、宏觀組織與微觀基因關(guān)聯(lián)以及用于交互式操作的可視化界面等功能,。
為驗(yàn)證性能,，研究團(tuán)隊(duì)以小鼠胚胎和果蠅發(fā)育的研究為例，探索了三維空間中隨時(shí)間變化的器官生態(tài)形成機(jī)制,，并構(gòu)建了小鼠胚胎發(fā)育的“3D分子全息圖”,。
“新工具將顯著提高科研人員對(duì)發(fā)育過(guò)程中器官形成的理解，幫助科研人員進(jìn)一步從時(shí)間和空間維度上認(rèn)知基因,、細(xì)胞,，為推進(jìn)胚胎發(fā)育、腦科學(xué),、疾病等多個(gè)領(lǐng)域的研究提供支撐,。”白寅琪說(shuō),。
